En Bitlis se cayó a un profundo canal de agua y se rompió un pie, fue detenido por los rusos después de quedarse en el agua durante treinta y tres horas. Fue deportado a Kosturma en Siberia, por la ruta de Van-Celpa-Tiflis. Pasó dos años en un campo de prisioneros. Un día, en el campo de prisioneros, el Comandante General Nicola Nicolaevich, sobrino del Zar, inspeccionaba el lugar. Cuando pasó por delante de Said Nursi le vio sentado sin ponerse de pie. Volvió a pasar otra vez por delante y Said Nursi tampoco le hizo caso. Así el comandante le preguntó si era porque no lo había reconocido. Said Nursi dijo: “Sí, usted es Nicola Nicolaevich”. “Entonces”, dijo el comandante, “¿Por qué no me tratas con el debido respeto como lo hacen los demás?”. Y Bediüzzaman Said Nursi le contestó: “soy un sabio musulmán y tengo fe en mi corazón. Cualquier persona que tiene fe en su corazón es superior a otra que no la tiene. Yo no puedo actuar en contra de mi creencia”. Y, se celebró un juicio militar y la decisión fue: “Ahorcarle” justo antes de la ejecución de la sentencia, Said Nursi empezó a rezar delante de todos con serenidad. Justo entonces el general entendió que no lo hizo por motivos personales, sino por su fe. Le pidió perdón y le levantó la sentencia.
Después de estar dos años en el campo de prisioneros, viajando por la ruta Varsovia-Viena, a pesar de no saber ruso, en pocos días, llegó a
